Ja z konfigiem sobie poradziłem już dawno.
Robimy config taki jaki ma być.
Zapisujemy go do osobnego pliku (w konsoli poprzez \writeconfig nazwa_pliku) np. doopa.cfg.
Wchodzimy do baseq3 i otiweramy qzconfig.cfg
Usuwamy z niego wszystko i wklejamy zawartość doopa.cfg. Na samym końcu dopisujemy exec doopa.cfg.
Zapisujemy zmiany w qzconfig.cfg.
Wchodzimy we właściwości qzconfig.cfg i zaznaczamy opcję "tylko do odczytu".
Powtarzamy kroki 3-6 z plikiem repconfig.cfg.
Teraz Quake Live nie będzie w stanie wpowadzić żadnych zmian do naszego cfg bo wyłączyliśmy tą opcję w systemie. Po uruchomieniu załaduje nam się doopa.cfg. Jeżeli wprowadzimy podczas gry jakieś zmiany i chcemy je zachować należy wpisać \writeconfig doopa. Przy zmianach w konsoli pojawi się komunikat "couldn't write qzconfig". Proszę się tym nie martwić gdyż jest to spowodowane tym, że zablokowaliśmy opcję zapisu qzconfig.
Odkąd stosuję tę metodę nie mam problemów z cfg. Nic mi się nie zmienia bez mojej wiedzy i zawsze mam wszystko tak jak ja chcę.
EDIT:
W skrócie:
Stworzyliśmy osobny config, który ładuje się po uruchomieniu gry, do którego Quake Live niczego nie dopisuje. Wszelkie zmiany zapisujemy właśnie w nim, zamiast w standardowym qzconfig.cfg, który pozostaje nietknięty i QL nie ma prawa nam w nim mieszać.